Dans les sociétés industrialisées, un régime alimentaire fondé sur des aliments peu coûteux et peu nutritifs exerce une pression sélective sur les bactéries de l’intestin.
Les bactéries intestinales des habitants des pays industrialisés s’habituent, malgré eux, à un régime composé d’aliments ultratransformés auquel nous les soumis. Des variantes génétiques qui rendent les micro-organismes de l’intestin plus capables de digérer les amidons issus des céréales, des frites, des encas et autres produits similaires s’imposent dans certaines populations de bactéries qui colonisent notre tractus intestinal : c’est ce que révèle une étude publiée dans Nature, selon laquelle l’alimentation moderne exercerait une pression sélective importante sur le microbiote.
Génomes toujours plus « homogènes »
Un groupe de biologistes évolutifs de l’Université de Californie à Los Angeles a utilisé une nouvelle méthode statistique pour identifier, dans l’ADN d’une trentaine d’espèces de bactéries intestinales, les régions où les mêmes variantes génétiques se sont propagées le plus rapidement. En substance, les chercheurs ont cherché les régions de plus grande « homogénéité », qui sautent aux yeux sur un fond de grande diversité et de différences qui séparent une espèce de l’autre.
« Diverses espèces d’E. coli, par exemple, se sont séparées les unes des autres autant que les humains se sont séparés des chimpanzés au cours de l’évolution, et pourtant nous les appelons par un nom unique. À l’encontre de cette diversité, il existe encore des fragments de ADN partagés présents chez de nombreux hôtes, semblables à une trame cachée qui relie nos microbiomes » explique Nandita Garud, parmi les auteurs.
Notre « atout » : des bactéries spécialisées dans les maltodextrines
Les 30 espèces de bactéries intestinales analysées sont les plus répandues parmi 24 populations humaines du monde entier, mais la pression sélective ne semble pas agir de la même manière partout: selon les analyses, dans les contextes industrialisés différentes variantes génétiques ont été « favorisées » par rapport aux pays non industrialisés. En Europe et particulièrement en France, on observe, dans les contextes industrialisés, la prévalence d’une variante spécialisée dans la digestion des maltodextrines, des glucides dérivés de l’amidon de maïs, de riz, de blé ou de pommes de terre via le processus chimique d’hydrolyse, largement utilisés dans les aliments ultratransformés.
Étant donné que ces amidots peuvent être produits uniquement dans un cadre industriel et que leur consommation massive n’a commencé que durant ces dernières décennies, on suppose que nos bactéries sont fortement incitées à développer un profil génétique capable de les digérer.
Échanges avantageux
La diffusion de variantes sélectionnées pour décomposer les ultratransformés aurait été favorisée par le mécanisme du transfert génétique horizontal, le déplacement de matériel génétique d’un clone à l’autre, un mécanisme qui permet par exemple aux bactéries de développer une résistance aux antibiotiques très rapidement.
