Voyage dans la grotte des chauves-souris : comment naissent les virus qui se transmettent à l’homme

Des caméras dissimulées ont surveillé le trafic entrant et sortant d’une grotte en Ouganda, habitée par des chauves-souris vectrices du virus Marburg.

Un essai de surveillance de certains grands carnivores africains s’est mué en un document précieux sur les interactions entre espèces susceptibles de favoriser la diffusion de zoonoses.

Des caméras cachées à l’entrée de la grotte Python, située dans le parc national Queen Elizabeth en Ouganda et habituellement peuplée par la chauve-souris frugivore égyptienne (Rousettus aegyptiacus), ont filmé non seulement des léopards d’Afrique (Panthera pardus pardus) et des hyènes tachetées (Crocuta crocuta), mais aussi un va-et-vient d’autres créatures — reptiles, oiseaux et mammifères — qui s’aventurent dans la cavité pour arracher l’un de ses habitants ailés.

Le point est que les chauves-souris frugivores égyptiennes constituent des réservoirs bien connus du virus Marburg, agent pathogène de la famille des Filoviridae — la même que l’Ebola — qui provoque une fièvre hémorragique extrêmement létale.

Une entrée un peu trop fréquentée

Sur une période de quatre mois, entre février et juin 2025, les chercheurs du Kyambura Lion Project en Ouganda ont photographié plus de quatorze espèces de vertébrés impliquées dans la chasse des chauves-souris, dans la consommation de leurs carcasses ou dans le toucher de leur guano, et ont exploré l’intérieur de la grotte à travers 321 événements distincts.

La recherche, publiée dans Current Biology, a permis d’obtenir les vidéos de dix espèces capturées en train d’interagir avec les chauves-souris frugivores : en plus des léopards et des hyènes, figuraient des cercopithèques à diadème (Cercopithecus mitis), des aigles couronnés (Stephanoaetus coronatus), des varans du Nil (Varanus niloticus), des zibett es africains (Civettictis civetta), des genettes panthères (Genetta maculata : un carnivore de taille moyenne), des pythons de Seba (Python sebae), des babouins, des rongeurs et divers rapaces.

Les scientifiques savaient que les chauves-souris frugivores égyptiennes peuvent transmettre le virus Marburg à l’homme soit directement soit par l’intermédiaire d’hôtes, mais c’est la première fois qu’il est possible d’observer une si vaste pluralité d’intermédiaires potentiels dans un hotspot connu du pathogène.


N’entrez pas dans cette grotte

Dans ce tumulte, l’homme, expert par excellence des occasions de spillover (le passage d’un virus d’une espèce à une autre), ne manquait pas à l’appel: les caméras cachées ont filmé 214 personnes s’approchant de l’entrée de la grotte, sans tenir compte des interdictions et des panneaux signalant le risque de contagion.

À la grotte, des groupes scolaires, des touristes et des stagiaires d’un institut local de faune sauvage se sont approchés: parmi ces personnes, une seule personne (un touriste) portait un masque, alors qu’il est désormais démontré que les entrées dans des grottes peuplées de chauves-souris constituent l’un des contextes les plus propices à l’infection par le virus Marburg.

La grotte était tapissée de panneaux avertissant du risque, et depuis 2011, une plateforme située à environ une trentaine de mètres de l’entrée permettait aux visiteurs d’observer l’intérieur sans s’exposer au contagion potentielle.

Cependant, beaucoup, par imprudence, se sont avancés jusqu’à quelques mètres de l’entrée, risquant d’entrer en contact avec le guano infecté.

Tout cela illustre un double enjeu: le mélange d’espèces et d’activités humaines autour d’un site sensible peut accroître les risques de transmission, et en même temps, ces observations offrent une opportunité unique de mieux comprendre les cheminements potentiels du virus.

Et l’étude initiale ? Eh bien, les enregistrements ont permis de conclure que les léopards capturent des chauves-souris frugivores vivantes, parvenant à en saisir jusqu’à trente ou quarante en une seule Nuit. Mais il est probable que l’étude prenne aussi une autre dimension, initialement inattendue, non pas pour la faune locale mais pour la santé publique.

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